梦幻模拟战5金手指版完全延续了前作的情节，一举打破了前系列相隔200年的历史设定。虽然为延续，但5代的序幕情节是根据4代的后半部（至剧情9）来设定的，因此即使不熟悉4代的玩家也能完全溶入故事之中。
游戏剧情
在远古的神魔时代，光之女神露希莉斯（ルシリス）为了对抗混沌之王卡奥斯（カォス），集结了所有力量锻制了圣剑“兰古利萨”（ラングリッサー）。在这以后的一千多年的岁月里，女神的祭师－－大魔导师杰茜卡（ジェシカ）肩负着监视魔族复活的使命，在生命中轮回转世。
而这柄圣剑也在尘世中辗转浮沉……历来只有光之女神所选取的勇士才有资格在世界危难的时候拥有它，对抗魔剑“阿鲁哈萨托”……兰古利莎的传说在延续着，只要世界上还有光明和黑暗的存在，它的传说就永远不会熄灭…… 自古传说谁拥有圣剑兰古莉萨，谁就拥有无限的力量，深怀欲望的人为了得到力量而寻找着这把剑，善良的人们则守护着此剑，天和地的空间中因此而不断吹起血腥的风暴。
随着时间的经过，圣剑兰古利萨回到了古代英雄之末裔巴尔迪亚王族（バルデイア，即古代艾路斯利多王国基克哈尔特王的后代）的手中，大陆恢复了安定。但是，绷坏的时刻不久即至。
达尔希斯帝国（ダルシス）的皇帝狄高斯（デイコス）为了借助于兰古利萨的力量，实现他称霸大陆的野心，遂率领大军开始入侵巴尔迪亚王国。血色笼罩着的天空下，巴尔迪亚城陷落，国王被杀，圣剑落入敌手。
